A integração é uma parte extremamente importante para os ERP's. A principal meta é a integração de dados e processos de todas as áreas de uma organização, unificando-as para permitir um fácil acesso e um fluxo de trabalho dinâmico. Os ERP's normalmente realizam a integração, criando uma única base de dados que emprega vários módulos de software que fornecem as diferentes áreas de uma organização com as diferentes funções empresariais.
Embora a configuração ideal fosse um sistema ERP para toda a organização, geralmente as grandes organizações criam um sistema ERP e, de seguida, aprofundam-no criando interfaces externos para outros sistemas autónomos, que sendo mais potentes possibilitam um melhor desempenho no cumprimento daquilo que a organização necessita. Normalmente este tipo de configuração pode ser morosa.